自序序一序二序三序四序五凡例卷一·医学溯源养生稽古阴阳水火生克运气运气总论十二化五运歌十二支年六气歌流年起六气歌客气交日歌逐年主气歌逐年客气歌脏腑（附：腔子、脂膜）脏象应天地脏腑贵贱脏腑命名释义脏腑相
制药法调经论胎前论胎前诸症胎前门主方加减活法胎前方诀产后产后门主方加减（载后）产后方诀万病回生丹治产后十八症乌金散治产后十八症黑虎丹治产后血症垂死者即生
卷一九针原始歌九针式图并九针主治法歌行针次第手法歌行针分寸法歌十二经井荥俞经合原刺浅深歌五脏井荥俞经合歌六腑井荥俞原经合歌十二经表里原络总歌肺经表里原络穴主治歌大肠经表里原络穴主治歌脾经表里原络穴主治
素问玄机原病式
叙卷之一咽喉大纲论喉舌分经说咽喉看治法总要十六绝症又四绝症右手图左手图针穴图卷之二精选应用诸方（九方）制药法（四法）爰采应用诸方（十二方）卷之三咽喉门第一（十一症图说）帘珠喉呛食哑喉内外肿喉风热喉紫色
序卷一治喉秘法治喉要诀临症二十法焦氏喉症图形针药秘传单方治喉痹单方卷二应用良方焦氏喉科煎药方诸穴灸刺各法附方
叶序陈序自序卷一脏腑经络先后病脉证第一卷二痉湿病脉证第二卷三百合狐惑阴阳毒病证治第三卷四疟病脉证并治第四卷四疟疾总论卷五中风历节病脉证治第五卷六血痹虚劳病脉证治第六卷七肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七卷八
卷上四时正脉春夏秋冬中真脉厥阴所胜生病运气所胜司天所胜在泉所胜少阴所胜生病运胜天胜地胜太阴所胜生病运胜天胜地胜阳明所胜生病运胜天胜地胜太阳所胜生病运胜天胜地胜少阳所胜生病天胜地胜六气复而生病厥阴之复少
灵枢九针十二原第一法本输第二法地小针解第三法人邪气藏府病形第四法时根结第五法音寿天刚柔第六法律官针第七法星本神第八法民终站第九法野经脉第十经别第十一经水第十二经筋第十三骨度第十四五十营第十五营气第十六
石山医案