自序序论脏象论经络次序论经络浅深论奇经八脉论总论宗气论营气论卫气论脉诀论病因论中风论八风论轻重论寒热论证候论风脉论治法论药饵附案
《滇南本草》序一《滇南本草》抄本跋《滇南本草》抄本后序重刊《滇南本草》序《滇南本草》序二第一卷石莲花木贼贯众七星草石苇白果松节、松笔头、松香、地盘松球侧柏叶玉兰花野棉花云连白芍、赤芍牡丹皮鸡头实荷叶藕
引凡例卷一上五脏六腑仰人尺寸（图缺）伏人尺寸（图缺）手足阴阳流注中指同身寸法手太阴肺经手阳明大肠经足阳明胃经足太阴脾经手少阴心经手太阳小肠经足太阳膀胱经卷一下足少阴肾经手厥阴心包络经手少阳三焦经足少阳
袁序陆序陆序自序卷一原因原贼邪原风湿原荣卫原易伤寒温热延医论论河间说伤寒之误原瘴原痧原胎成注《伤寒论》论五志论阴阳交并论虫论温疫总论疟论尸疰疳蒸四大症论虚劳论传尸劳论肺萎论正水风水诊法论女劳疸黑疸同治
叙正文跋
序辨初生脉证并治第一辨寒热脉证并治第二辨发惊脉证并治第三辨疮疹脉症并治第四辨疳病脉证并治第五辨上焦病脉证并治第六辨中焦病脉证并治第七辨下焦病脉证并治第八附录护养
原序上卷桂枝汤证桂枝汤证其一桂枝汤证其二桂枝汤证其三桂枝汤证其四（附列门人治验）桂枝汤证其五（附列门人治验）桂枝汤证其六（附列门人治验）麻黄汤证麻黄汤证其一麻黄汤证其二麻黄汤证其三麻黄汤证其四葛根汤证
序凡例原叙卷首诊法五脏六腑经气望色闻声问证切脉卷一证治背上头骨两耳眼目唇口鼻孔齿牙舌本咽喉胸前大腹小腹胁肋腰中手臂脚腿前阴后阴大便小便卷二证治寒热呕吐咳嗽喘失血遗精言语心神斑黄出汗肿胀饮食起居倒仆掣动
自序卷之一·治法通论卷之一·调经门经候总论经闭血崩赤白带下白浊白淫卷之二·杂症门上（杂证男女一也。此二卷方论，出女科书，多杂病书所遗，故存之耳。）虚劳客热寒热恶寒中风飞尸血厥螈颤振惊悸颠狂血风烦闷血风
订正仲景全书伤寒杂病论 原序订正仲景全书伤寒论注辨太阳病脉证并治上篇桂枝汤方桂枝加附子汤方白虎加人参汤方调胃承气汤方五苓散方麻黄杏仁甘草石膏汤方十枣汤方桂枝人参汤方葛根黄芩黄连汤方桂枝去芍药汤方桂枝去