序上卷本症治法兼症治法变症治法疠疡类症本症治验类症治验中卷续治诸症下卷各症方药
奇经八脉总说八脉阴维脉阳维脉二维为病阴跷脉阳跷脉二跷为病冲脉冲脉为病任脉任脉为病督脉督脉为病带脉带脉为病气口九道脉释音
自序卷之一·治法通论卷之一·调经门经候总论经闭血崩赤白带下白浊白淫卷之二·杂症门上（杂证男女一也。此二卷方论，出女科书，多杂病书所遗，故存之耳。）虚劳客热寒热恶寒中风飞尸血厥螈颤振惊悸颠狂血风烦闷血风
难经本义
序自序辨病源第一辨经络第二辨色第三辨脉第四辨手太阴本病症治第五辨手少阳标病第六辨手少阴标病第七辨三经标本并病第八辨救误上第九辨救误下第十辨善后第十一辨外治第十二辨禁忌第十三辨张氏无治之症第十四辨耐修药
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
序卷一脉形状指下秘决第一（二十四种）平脉早晏法第二分别三关境界脉候所主第三辨尺寸阴阳荣卫度数第四平脉视人大小长短男女逆顺法第五持脉轻重法第六两手六脉所主五脏六腑阴阳逆顺第七辨脏腑病脉阴阳大法第八辨脉阴
总论一、中医外科学发展概况二、中医外科疾病命名与分类释义第一节 疾病命名第二节 分类释义三、外科疾病的病因病机第一节 致病因素第二节 发病机理四、外科诊法第一节 辨病与辨证第二节 四诊应用第三节 辨阴
注序补注《明医杂着》序卷之一仲景东垣河间丹溪诸书孰优处方药品多少论异法方宜论丹溪治病不出乎气血痰郁产后发热伤寒时气病后调养泄泻劳热饮食劳倦内伤发热伤寒发热伤暑发热病有感伤中心腹疼痛病时静心息虑发热论补
凡例《灵枢经》骨度尺寸头部胸腹部背部侧部四肢部器具总论第一则·金疮论治第二则·治伤法论第三则·跌打损伤内治证第四则·至险之证不治论第五则·从高坠下伤第六则·颠顶骨伤第七则·囟门骨伤第八则·鼻梁骨断第九